MS-06E-3型是作为E型综合性能提高型而在大战中期开发的机体。E型因为是面向有难度、特殊任务的机体，特征在于实现了更进一步提高机动性和强化探测系统。头部的摄像机经过重新设计后，搭载了3联装多目的摄像模块。由超望远摄像机、红外线摄像机、微光摄像机构成的该部件，加上E-3型搭载的激光、超声波、还有应用了MINOVSKY物理学的新探测系统，可以说它能比现存E型收集更大范围的详细情报。承托该核心的，是背部设置有内藏型复合探测系统的背包。该背包有6根折叠板状物，因此让本机获得了带有鳍脚含义的称呼：“FLIPPER”。
